Главная » 2014»Июль»10 » Скачать Расположение и возможная функциональная роль участков связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека. бесплатно
00:43
Скачать Расположение и возможная функциональная роль участков связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека. бесплатно
Расположение и возможная функциональная роль участков связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека
Диссертация
Автор: Ветчинова, Анна Сергеевна
Название: Расположение и возможная функциональная роль участков связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека
Справка: Ветчинова, Анна Сергеевна. Расположение и возможная функциональная роль участков связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека : диссертация кандидата биологических наук : 03.00.03 Москва, 2007 105 c. : 61 07-3/687
Объем: 105 стр.
Информация: Москва, 2007
Содержание:
Список сокращений
1 Введение
2 Обзор литературы
21 Транскрипционные факторы, содержащие домен цинковых пальцев
22 CTCF представитель многофункциональных белков, содержащих мотивы цинковых пальцев
23 Структурные особенности
24 Полифункциональность белка CTCF и регуляция его активности
25 Функции транскрипционного фактора CTCF
251 Регуляция транскрипции
252 Взаимодействие CTCF с последовательностями ипсуляторов
253 Контроль импринтинга генетической информации
27 CTCF и развитие болезней
28 Методы исследования ДНК-белковых взаимодействий
29 Сдвиг электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле
210 Метод иммунопреципитации хроматина
211 ДНК-белковые кросс-сщивки (DNA-protein crosslinking assay, DPC)
Заключение
3 Материалы и методы
31 Материалы
32 Методы
321 Получение белка CTCF в бесклеточной системе
322 Электрофорез белков в SDS-полиакриламидном геле
323 Вестерн блот анализ
324 Получение библиотеки фрагментов ДНК локуса FXYD5-COX7A хромосомы человека
325 Радиоактивное мечение фрагментов ДНК при помощи ПЦР
326 Очистка меченой ДНК
Введение:
Стремительный прогресс в молекулярной биологии позволил расшифровать полные последовательности геномов многих организмов позвоночных (Lander et.al., 2001). В частности, была установлена полная первичная структура человеческого генома и определепо положение в геноме человека большей части генов. Однако, установить функции генов на основании их первичной структуры возможно далеко не всегда. Для рещения этой задачи требуется привлечение знаний из разных областей науки: биоинформатики, генетики, биологии развития, молекулярной биологии, биохимии и т. д. Достижения в определении первичной структуры и картировании геномов привели к появлению нового направления исследований функциональной геномики, которая включает в себя главным образом идентификацию, локализацию в геноме и функциональный анализ новых генов. В то же время геном содержит множество нетранскрибируемых функционально активных элементов, обладающих важнейшими регуляторными свойствами и имеющими решающее значение для его нормальной работы. Примерами таких элементов могут служить энхансеры, терминаторы транскрипции, участки связывания ДНК с регуляторными белками, участки начала репликации, места интеграции ретроэлементов и т.д. В большинстве случаев подобные структуры невозможно идентифицировать, имея данные только о нуклеотидной последовательности участков ДНК, которые их содержат. Одним из способов их корректной идентификации является подход. соответствующий Картирование экспериментальный, функциональный последовательностей с известной функциональной ролью значительно облегчает понимание общей организации и основных принципов регуляции работы генома как целого. Известно, что многие белки способны специфически связываться с теми или иными участками ДНК. Связывание ядерных белков с регуляторными последовательностями ДНК является главным механизмом регуляции экспрессии у эукариот. Среди белков, вовлечённых в экспрессию эукариотических генов, существуют многофункциональные белки, действующие на разных этапах экспрессии генов: при инициации и элонгации транскрипции, трансляции.Цели и задачи работы Целью диссертационной работы является идентификация сайтов связывания транскрипционного фактора CTCF в локусе 19 хромосомы человека, длиной около 1 млн.п.н., находящегося между маркерами FXYD5 и Сох7А1. Этот локус содержит значительное число известных генов и его нуклеотидная последовательность полностью установлена, что позволит, как картировать все отобрапные элементы с больщой точностью, так и сделать выводы о взаимном расположении белок-связывающих элементов и генов и их возможной функциональной взаимосвязи. Были поставлены следующие экспериментальные задачи: выявить с помощью метода сдвига электрофоретической подвижности (EMSA) участки связывания белка CTCF в локусе 19 хромосомы человека между маркёрами FXYD5 и Сох7А1; клонировать и секвенировать участки ДНК, связывающиеся с белком CTCF; выявить фрагменты ДНК, связывающиеся с белком CTCF in vivo с использованием метода иммунопреципитации хроматина (ChlP-assay), и сравнить их с выделенными в системе in vitro; построить карту распределения сайтов связывания CTCF в локусе 19 хромосомы человека между маркёрами FXYD5 и Сох7А1..0бзор литературы. 2.1. Транскрипционные факторы, содержащие домен цинковых нальцев. Большинство транскрипционных процессов обусловлено присутствием многофункциональных белков, связывающихся с нуклеиновыми кислотами (Kadonaga and Tjian, 1986), Белок, который после его перемещения в ядро клетки регулирует транскрипцию, специфически с взаимодействуя белком, с ДНК, либо который может стехиометрически взаимодействует другим образовывать со специфичной последовательностью ДНК комплекс "белок-ДНК" называется транскрипционным фактором (Johnson and McKnight, 1989). Специфичность взаимодействия транскрипционных факторов с распознаваемыми ими регуляторными последовательностями генов определяется преимущественно особенностями их ДНК-связывающих доменов. Многие факторы связываются с ДНК в виде димеров (мультимеров), и состав этих комплексов также может влиять на специфичность связывания с ДНК (Komberg 1999, Kadonaga 2004). Нредлагаемая классификация транскрипционных факторов опирается на совокупность свойств их ДНК-связывающих доменов (Semenza 1994, Натрушев, 2000). В некоторых случаях учитываются и особенности димеризационных доменов транскрипционных факторов. Таким образом, основные
